W listopadzie tego samego roku insider ViewerAnon podał na portalu X informację o tym, iż w filmie powróci Mothra. W marcu 2024 roku Wingard potwierdził, że włączenie Mothry zawsze było częścią planu scenariuszowego. Jednak Legendary Pictures nie miało już praw do Mothry do czasu rozpoczęcia postprodukcji i użyto zastępczej postaci o imieniu „Phosphera” do czasu wznowienia licencji. Wingard zdementował również pogłoski, że Phosphera została zastąpiona Mothrą z powodu słabych testów publiczności, powtarzając, że Mothra została uwzględniona już w pierwszej wersji roboczej filmu. Porównał również Mothrę do anioła, a Naznaczonego Króla do diabła.
Walka Godzilli i Konga w Kairze była inspirowana bójką Nady i Franka z Oni żyją (1988): „Najlepsze sceny w tym filmie to walka bohaterów ze sobą. To nie jest walka bohatera ze złoczyńcą. To dwójka bohaterów walczących ze sobą z powodu pewnego nieporozumienia. To była wielka inspiracja, jeśli chodzi o moje podejście do Godzilli i Konga, ponieważ obaj są tymi dobrymi, ale nie będzie łatwe, żeby się dogadali”.