Na początku 2015 roku doznał przeciążeniowego złamania kręgosłupa w odcinku lędźwiowym, po którym przeszedł półroczną rekonwalescencję. Po wyleczeniu urazu stał się podstawowym zawodnikiem Kuopion Palloseura. W sezonie 2017 wywalczył z tym klubem wicemistrzostwo kraju, natomiast dwa lata później tytuł mistrza Finlandii. W lipcu 2018 roku zadebiutował w europejskich pucharach w dwumeczu z FC København (0:1, 1:1) w kwalifikacjach Ligi Europy 2018/19.
We wrześniu 2020 roku Niskanen został piłkarzem FC Ingolstadt 04 (3. Liga). W sezonie 2020/21 – po wygraniu barażu z VfL Osnabrück – awansował z tym zespołem do 2. Bundesligi. W sierpniu 2021 roku przeniósł się do Dundee United FC. 11 września 2021 zadebiutował w Scottish Premiership w zremisowanym 0:0 spotkaniu z St. Mirren FC.
Kariera reprezentacyjna Niskanen w latach 2012–2017 występował w młodzieżowych reprezentacjach Finlandii w kategorii U-15, U-16, U-17, U-18, U-19, U-20 oraz U-21. Z kadrą U-21 wziął udział w eliminacjach Mistrzostw Europy 2019, w których rozegrał 5 spotkań.
3 września 2020 zadebiutował w reprezentacji Finlandii w spotkaniu przeciwko Walii (0:1) w Lidze Narodów 2020/21.