Podczas pożaru miasta w 1742 roku ani kościół, ani otaczająca go dzielnica francuska nie zostały uszkodzone, co przypisuje się wstawiennictwu św. Polikarpa. Jednak już w kolejnym pożarze, w 1763 roku, klasztor doszczętnie spłonął, a kościół został poważnie uszkodzony. W latach 1774–1775 za zgodą władz osmańskich i przy wparciu króla Ludwika XVI świątynię odbudowano i przekształcono w trójnawową bazylikę. W 1820 roku w jej wnętrzu zawieszono marmurową tablicę w podzięce dla króla Ludwika.
W latach 1892–1898 kościół został rozbudowany (dobudowano do niego kaplice) oraz ozdobiony polichromiami wykonanymi przez Raymonda Charlesa Péré’ego, który był mieszkającym w Smyrnie francuskim artystą, architektem i malarzem, autorem m.in. projektu smyrneńskiej wieży zegarowej. Polichromie przedstawiają sceny z życia Polikarpa. Na jednej z nich Péré sportretował samego siebie – jako postać ze związanymi rękami znajdującą się po lewej stronie malowidła przedstawiającego męczeństwo świętego.
W 1922 roku budynek spłonął podczas wielkiego pożaru Smyrny.