II wojna światowa Po inwazji Niemiec na Polskę Schimitzek, wciąż jako dyrektor Departamentu Administracyjnego, razem z MSZ ewakuował się najpierw do Kazimierza Dolnego. 6 września został komendantem drugiego rzutu ewakuacyjnego MSZ. Po przekroczeniu granicy rumuńskiej 17 września brał udział w pracach Konsulatu w Czerniowcach, organizowaniu pobytu w Rumunii pracowników MSZ, następnie wyjechał do Bukaresztu. 24 października, na wezwanie ministra bez teki Aleksandra Ładosia, wraz z rodziną opuścił Rumunię. Wszedł w skład Komisji dla Rejestracji Faktów i Zbierania Dokumentów Dotyczących Ostatnich Zdarzeń w Polsce (tzw. Komisji Hallera). Po jej likwidacji 31 stycznia 1940, następnie pełnił funkcję delegata MSZ w Modane na pograniczu francusko-włoskim (formalnie był tam delegowany jako pracownik Poselstwa w Paryżu), gdzie nadzorował tranzyt Polaków z Rumunii i Węgier. Po ataku na Francję wyjechał do Libourne, gdzie przebywał rząd RP. Nie został zakwalifikowany do ewakuacji do Wielkiej Brytanii.