W tym samym czasie organizowała lokalne struktury Unii Chrześcijańsko-Demokratycznej (CDU).
W wyborach parlamentarnych w 1949 roku zdobyła mandat deputowanej do Bundestagu z list CDU. Mandat utrzymywała w kolejnych wyborach, sprawując funkcję posłanki do 1972 roku. W 1958 roku została wybrana na przewodniczącą chadeckiej organizacji kobiecej – Frauen Union. mały|Helmut Kohl, Aenne Brauksiepe oraz Karl Theodor von und zu Guttenberg podczas spotkania CDU w Ludwigshafen Po wyborach do Bundestagu w 1961 roku dowiedziawszy się, że w nowym gabinecie federalnym ponownie nie będzie żadnej kobiety, Aenne Brauksiepe wraz z kilkoma innymi parlamentarzystkami CDU/CSU zorganizowała pewnego rodzaju „strajk okupacyjny” w Urzędzie Kanclerskim, który miał trwać, dopóki na nowej liście gabinetowej nie znajdzie się miejsce dla kobiety. Kanclerz Adenauer ostatecznie zgodził się na ich prośbę i zdecydował o utworzeniu nowego resortu – Ministerstwa Zdrowia, którego kierowanie powierzył Elisabeth Schwarzhaupt.
W latach 1964–1969 była wiceprzewodniczącą frakcji poselskiej CDU/CSU, a w 1967 roku została wybrana na wiceprzewodniczącą partii na szczeblu federalnym.