Kierując się na północ, 13 lutego 1521 roku załogi przekroczyły równik. 6 marca odkryto wyspy Guam i Rota w archipelagu Marianów. 15 marca 1521 roku żeglarzom ukazały się góry wyspy Samar (wschodnia część archipelagu filipińskiego). Magellan nie widział nigdzie dogodnego miejsca do przybicia, zmienił kurs na południe. 18 marca osiągnięto wyspę Homodon i zatrzymano się tu na cały tydzień.
Śmierć Magellana thumb|Śmierć Magellana na wyspie Mactan.
Magellan był w stanie porozumiewać się z tamtejszymi mieszkańcami, gdyż jego malajski tłumacz rozumiał ich język. 7 kwietnia 1521 roku żeglarze dotarli do wyspy Cebu, gdzie Magellan zarządził dłuższy postój, polecając jednocześnie nawracanie miejscowej ludności na chrześcijaństwo.
W zaledwie kilka dni od 14 kwietnia 1521 roku prawie wszyscy przywódcy wysp otaczających Cebu przyjęli chrzest i zgodzili się podpisać traktat z Hiszpanami. Traktat ten miał zapewnić Hiszpanii wyłączność na handel z wyspami będącymi pod panowaniem przywódcy Cebu w zamian za protekcję. Po niespełna tygodniu Magellan otrzymał wiadomość, że Lapu-Lapu – przywódca Mactanu, zbuntował się i odmawia dostarczania towarów przeznaczonych dla Hiszpanów. Magellan zapowiedział użycie siły.