1 kwietnia 1993 przekształcono je w Delegatury Departamentu Kontroli MON z siedzibami w Warszawie, Bydgoszczy, Wrocławiu i Krakowie. W 1993 struktura organizacyjna Departamentu Kontroli MON przedstawiała się następująco: Dyrektor Departamentu Kontroli; Zastępcy Departamentu Kontroli; Zespół Planowania, Organizacji i Analiz; Wydział Administracji Ogólnej; Zespoły Kontroli Gospodarczej; Zespoły Kontroli Bojowej Wojsk; Samodzielne stanowiska pracy (starszy specjalista prawny, adiutant). Szefem Departamentu Głównej Kontroli MON w 1993 został gen. dyw. Jan Wojtala, którym był do 1995.
Departament Kontroli W grudniu 1996 nastąpiły istotne zmiany organizacyjne i strukturalne Ministerstwa Obrony Narodowej, które przyczyniły się do przekształceń w strukturach organizacyjnych MON. Wynikiem tego było m.in. połączenie Departamentu Kontroli, bezpośrednio podległego MON i Zespołowi Inspekcji Wojska Polskiego podporządkowanemu Inspektorowi Szkolenia – zastępcy szefa Sztabu Generalnego WP. 2 grudnia 1996 Departament Kontroli rozpoczął swoje funkcjonowanie w nowej strukturze organizacyjnej, w której zafunkcjonował także Zespół Głównych Inspektorów Ministerstwa Obrony Narodowej z szefem gen. dyw. Franciszkiem Puchałą. Na stanowisko Dyrektora Departamentu Kontroli wyznaczony został gen. dyw. Adam Rębacz (1996).