Mniejszą powierzchnie zajmują bagna niskie, wydmy oraz inne suche wyspy.
Wśród lasów dominują bory sosnowe (68% zalesionej powierzchni). Ważnymi gatunkami lasotwórczymi są także brzoza brodawkowata (16%), brzoza omszona (ok. 12%) i olsza czarna (ok. 3%). Fragmentaryczne także dąb i osika. Lasy w większości dojrzałe, na trudno dostępnych obszarach wiek części drzewostanu przekracza 120 lat.
Teren rezerwatu leży w dorzeczu Stwihy. W granicach rezerwatu brak jest większych rzek. Zasilany jest głównie wodą opadową. Na jego terenie istnieje sieć kanałów melioracyjnych, powstałych pod koniec XIX w. Kanały te są jednak zarośnięte, a niektórych miejscach zablokowane przez drewno i tamy bobrowe, dzięki czemu reżim hydrologiczny jest zbliżony do naturalnego.
Fauna i flora Fauna Rezerwat Wodno-Bagienny Stary Żadzien jest ważnym siedliskiem ptaków, dla niektórych gatunków będący siedliskiem lęgowym. Stwierdzono tu występowanie 104 gatunków ptaków, w wśród których są m.in.