Od kwietnia 1939 r. działał w Komitecie Petycyjnym „Pozostaniemy wierni” – czeskiej organizacji konspiracyjnej. W grudniu 1941 r. został aresztowany i skazany na siedem lat katorgi. Przebywał w więzieniach i obozach koncentracyjnych: Pankrác, Theresienstadt, Goleniów, Ebrach i Straubing. W kwietniu 1945 r. przeszedł marsz śmierci. W latach 1945-48 był kierownikiem wydziału kultury Państwowego Urzędu Planowania, przez kolejne dwa lata był dramaturgiem Państwowego Filmu Czechosłowackiego. W 1950 r. przeprowadził się do Rožmitálu pod Třemšínem, gdzie mieszkał do śmierci.
Twórczość Beneš publikował artykuły o literaturze i muzyce m.in. w pismach: Lidové noviny, Národní osvobození, Cesta, Literární noviny, Topičův sborník, Družstevní práce. W latach (1947–1948) redagował magazyn Růst. Wiele książek Beneša doczekało się adaptacji filmowych w Czechach i zagranicą. Na podstawie powieści Uloupený život powstał film w Wielkiej Brytanii (Stolen Life, 1939, reż. Paul Czinner) i w USA (A Stolen Life, 1946, reż. Curtis Bernhardt). Film w Czinera, z Elisabeth Bergner w roli głównej, wyświetlony był w 1983 r. podczas Berlinale. Do amerykańskiego filmu Bernhardta Beneš, razem z Catherine Turney, napisał scenariusz. W rolach głównych wystąpili Bette Davis i Glenn Ford.