Prototeki są roślinami bezzieleniowymi, zwykle saprotroficznymi. Przyswajają azot Kjeldahla, nie są zdolne do przyswajania azotanów. Typowym cukrem, jaki przyjmują, jest glukoza, ale trawią też bardziej złożone węglowodany. Przyswajają też octan sodu. Do wzrostu potrzebują tiaminy. Są tlenowe. Przypadki fermentacji są słabo opisane. Ochronna rola sporopoleniny sprawia, że potrafią przetrwać pasteryzację czy chlorowanie w procesie uzdatniania wody. Pasażują również przez przewody pokarmowe zwierząt bez strawienia. W wyniku ewolucji utraciły zdolność fotosyntezy, ale zachowały część genów z nią związanych.
Ekologia Z reguły ciepłolubne. Występują w różnych siedliskach. Preferują środowisko mokre i bogate w materię organiczną. Żyją w soku wypełniającym rany roślin, tkankach roślinnych (zwłaszcza skórce), porostach, glebie, osadach, odchodach zwierzęcych, infrastrukturze mleczarskiej, wodach powierzchniowych, wodzie wodociągowej, a jednym z ich najważniejszych rezerwuarów są ścieki. Znajdowane są również w przygotowywanych posiłkach dla ludzi (lodach, sałatkach), przy czym podejrzewa się, że trafiają tam z lodem użytym do ich chłodzenia.