Od początku zauważano, że przedstawiciele tego rodzaju są niemal identyczni z przedstawicielami rodzaju Chlorella, z wyjątkiem zdolności do fotosyntezy i jej konsekwencji. Krüger uznał, że jest rodzajem grzyba, zauważając podobieństwo do drożdżaków lub skoczkowców, ale nie zaliczając do żadnej z tych grup. Na początku XX w. pojawiła się teza, że podobieństwo do chlorelli odpowiada rzeczywistemu pokrewieństwu i część biologów uznała prototekę za bezzieleniową zielenicę, a przez następne kilkadziesiąt lat trwał spór między nimi a zwolennikami tezy, że jest to gatunek drożdżaka lub śluzowca. Od końca XX w. przeważa pierwsza opcja.
W systemie AlgaeBase na początku 2023 r. wyróżniano następujące gatunki:
Prototheca bovis Jagielski et al. Prototheca cerasi Jagielski et al. Prototheca ciferrii Negroni & Blaisten Prototheca cookeri Jagielski et al. Prototheca crieana (Ludwig) R.Ciferri Prototheca cutis Satoh & Makimura Prototheca fontanea Jagielski & Iskra Prototheca kruegeri Pringsheim Prototheca lentecrescens Jagielski & Iskra Prototheca miyajii Masuda, Hirose, Ishikawa, Ikawa & Nishimura Prototheca paracutis Khunthiphun, Endoh, Takashima, Ohkuma, Tanasupawat & Savarajara Prototheca pringsheimii Jagielski et al. Prototheca richardsii A.Wong & Beebee Prototheca segbwema R.R.Davies, H.Spencer & Wakelin Prototheca