2–3 sierpnia Wizyta rozpoczęła się 2 sierpnia w Lizbonie. Po oficjalnym powitaniu w bazie lotniczej Figo Maduro, papież udał się do Pałacu Narodowego w Belém na spotkanie z prezydentem Marcelo Rebelo de Sousa oraz przedstawicielami władz i korpusem dyplomatycznym. Wieczorem w Klasztorze Hieronimitów przewodniczył nieszporom z udziałem portugalskiego duchowieństwa. Po oficjalnych uroczystościach w Nuncjaturze Apostolskiej odbyło się prywatne spotkanie papieża z grupą osób, które padły ofiarą nadużyć seksualnych w portugalskim Kościele.

3 sierpnia Franciszek spotkał się ze studentami Portugalskiego Uniwersytetu Katolickiego oraz młodzieżą z fundacji Scholas Occurrentes w Cascais. Wieczorem w Parku Edwarda VII miało miejsce pierwsze oficjalne spotkanie z uczestnikami Światowych Dni Młodzieży.

4–5 sierpnia 4 sierpnia rano papież sprawował sakrament pojednania w ogrodzie Vasco da Gamy, a następnie odwiedził ośrodek parafialny w dzielnicy Serafina, gdzie spotkał się z przedstawicielami organizacji charytatywnych. Po południu w Parku Edwarda VII przewodniczył nabożeństwu Drogi Krzyżowej.