Najbardziej charakterystycznymi elementami krajobrazu CHKO są liczne torfowiska, których duża część została jednak zniszczona wraz z ukończeniem zapory tworzącej Zbiornik Orawski. Występują one powszechnie na terenie Działów Orawskich i Beskidu Orawskiego, a szczególnie w Kotlinie Orawskiej. Tu zajmują powierzchnię ok. 800 ha. Najczęściej występującymi formami są torfowiska wysokie i przejściowe. Torfowiska niskie zajmują mniejszy obszar, głównie na skraju terenów podmokłych lub u podnóża wylesionych zboczy.
Roślinność torfowisk przedstawia specyficzną grupę obejmującą gatunki arktyczne i borealne. Torfowiska niskie porośnięte są przede wszystkim turzycami (Davalla, prosowa, dwupienna, siwa, drobna, łuszczykowata) i sitami (członowaty, cienki) oraz dywanami mchów. Z wyższych roślin wymienić można chociażby następujące gatunki: wełniankę szeroko- i wąskolistną, fiołka błotnego, gnidosza błotnego czy tłustosza pospolitego.
Na torfowiskach wysokich i przejściowych dominuje torfowiec pokrywający znaczne przestrzenie wraz z innymi gatunkami mchów, wątrobowcami i porostami.