Uczestniczył wraz z nim w bitwie pod Hohenlinden (3 grudnia 1800) – gdzie w trakcie chaotycznego odwrotu Austriaków jego oddziały poniosły znaczące straty pod Frankenmarkt. Potem był dowodzącym wojskami na Śląsku (maj 1801 – wrzesień 1805).
Podczas wojny w 1805 prowadzonej przez III koalicję antyfrancuską był dowódcą korpusu w armii arcyksięcia Fryderyka i Karla Macka. Ponieważ jego siły zostały rozmieszczone na wschód od głównej armii, skutecznie wyrwał swój korpus z próby okrążenia przez cesarza Napoleona i uniknął losu armii Macka w bitwie pod Ulm. Wkrótce dołączył do armii rosyjskiej Michaiła Kutuzowa po jej przemarszu na Morawy. W bitwie pod Austerlitz Kienmayer dowodził przednią strażą lewego skrzydła aliantów kierowanego przez Friedricha Buxhowdena.
W wojnie V koalicji antyfrancuskiej początkowo dowodził II Korpusem Rezerwowym. Jego wojska walczyły pod rozkazami Johanna von Hillera w bitwie pod Landshut 21 kwietnia 1809 a następnie w bitwie pod Ebersbergiem 3 maja 1809. Po połączeniu z austriackimi siłami głównymi został dowódcą I Korpusu Rezerwowego z którym wyróżnił się w bitwie pod Aspern-Essling w dniach 21–22 maja 1809. Po pokonaniu marszałka Junota w bitwie pod Gefrees 8 lipca 1809 zmusił Hieronima Bonaparte do wycofania się z Saksonii.