W 1961 roku Nigeria zakupiła pierwszy nowo zbudowany okręt – patrolowiec „Enugu”, a w 1965 roku zbudowaną w Holandii fregatę „Nigeria”, która stała się jej największą jednostką, pełniącą funkcje okrętu szkolnego i flagowego. Poza nimi, do końca lat 60. marynarka otrzymała jedynie kilka dalszych okrętów patrolowych. Niewielka marynarka nigeryjska pozostała lojalna wobec rządu podczas wojny domowej z separatystyczną Biafrą (1967–70) i posłużyła do skutecznej blokady morskiej Biafry. Biafra zdobyła jedynie patrolowiec „Vigilance”, który został następnie zatopiony przez okręty nigeryjskie 10 września 1967 roku. W październiku 1969 roku na skutek działań wojennych utracono patrolowiec „Ogoja” w delcie Nigru. Marynarka wspierała też lądowania w Bonny i Calabarze.
W latach 70. marynarka Nigerii została znacznie rozbudowana i do 1982 roku wzbogaciła się o liczne nowoczesne okręty, w tym zbudowaną w Niemczech fregatę rakietową „Aradu”, cztery korwety budowy brytyjskiej, sześć kutrów rakietowo-artyleryjskich budowy niemieckiej i francuskiej, dwa okręty desantowe budowy niemieckiej i dalsze patrolowce. Stała się wówczas najnowocześniejszą marynarką spośród międzyzwrotnikowych państw Afryki i jedyną w Afryce używającą okrętów przenoszących śmigłowce. Liczba personelu wzrosła z 1720 w 1970 do około 5000 w 1990 roku.