Dwa lata później kiedy otworzyła się możliwość studiowania kobiet na wydziale medycznym, Helena zaczęła tam naukę (studiowała tam w latach 1899/1900–1904/05). W czasie studiów współtworzyła Biuro Informacyjne Słuchaczek Uniwersytetu Jagiellońskiego, które wspierało kobiety chcące studiować. W 1902 wyszła za mąż za starszego brata gen. Władysława Sikorskiego, Stanisława. 2 czerwca 1906 uzyskała doktorat medycyny z honorowym wyróżnieniem sub auspicis imperatoris. Jej promotorem był Henryk Jordan, który nie był wcześniej zwolennikiem studiowania kobiet.
Po ukończeniu studiów pracowała jako zastępczyni dyrektora Zakładu Szczepień Ochronnych przeciwko Wodowstrętowi Oda Bujwida (w latach 1906–1911). A także jako praktykantka w Krajowym Powszechnym Szpitalu im. Św. Łazarza. Od 1913 była lekarką szkolną miejską. Przyjmowała klientów i klientki przy Karmelickiej 5.