Nastąpiło to około połowy XIX wieku (ale przed 1874), choć nie jest wykluczona możliwości zniszczenia figury w czasie wielkiego pożaru kościoła z roku 1850.
Ołtarza-nagrobek św. Jacka związany był z alabastrową figurą Matki Boskiej Jackowej z 1. poł. XVI w. Informacja na jej temat pojawiła się w literaturze naukowej już w 1905 r. w „Sprawozdaniach Komisyi do Badania Historyi Sztuki w Polsce”. Zawarty w nich zapis dyskusji nie precyzuje, kto był odkrywcą dzieła, w tekście pada jednak informacja, że rzeźba „dawniej stała na ołtarzu w kaplicy Ś. Jacka, tuż pod trumną kryjącą jego zwłoki”, a „usuniętą ją stamtąd dopiero w 1870 roku, podczas odnowienia kaplicy pod kierunkiem Jana Matejki”. Autorzy nie powołują się jednak na konkretne źródła. W późniejszych badaniach powtórzono informację zawartą w „Sprawozdaniach…”, również nie podając dla niej źródła.
Wtórna wobec oryginalnego projektu jest również powstała w XIX wieku, dostawiona do tumby mensa.