Po śmierci męża zmagała się z poważnymi długami w wysokości ok. 1,5 miliona współczesnych funtów. Z tego powodu musiała się wyprowadzić z domu rodzinnego w Eastbourne i przenieść do Coldwaltham w West Sussex, gdzie zamieszkała z córką. W ostatnich latach mieszkała w mieszkaniu w Hampton Court, które w 1929 za zasługi na rzecz kraju nadał jej król Jerzy V.

Zmarła po długiej chorobie. Została pochowana w kościele św. Idziego w Coldwaltham.

Dziedzictwo Zbiór dokumentów Emily Shackleton jest przechowywany w Scott Polar Research Institute na Uniwersytecie w Cambridge. Obejmuje jej korespondencję do członków rodziny i innych osób związanych z eksploracją Antarktydy oraz relację z królewskiej wizyty na Nimrod przed Brytyjską Ekspedycją Antarktyczną.

W National Portrait Gallery znajduje się fotografia Emily Shackleton wykonana przez nieznanego fotografa w 1910. Inne rodzinne zdjęcia Shackletonów znajdują się m.in. w Bibliotece Narodowej Nowej Zelandii.

W 2019 oddział Girlguiding Eastbourne zbudował magazyn obozowy i wyremontował chatę harcerską, którą nazwano „Shackleton Lodge”.