Rektor Urząd rektora stanowił najwyższą godność w szkole. Rektor był przedstawicielem szkoły na zewnątrz oraz wykonawcą uchwał senatu. Ponadto był przełożonym grona nauczycielskiego, zwierzchnikiem pomocniczych pracowników naukowych oraz urzędników i niższych funkcjonariuszy szkoły.
Rektorowi przysługiwał tytuł Magnificencji.
Rektora wybierano spośród profesorów zwyczajnych na okres trzech lat. Wybór dokonywano poprzez zebranie delegatów wydziałów zwykłą większością głosów.
Wybór rektora podlegał zatwierdzeniu przez Prezydenta Rzeczypospolitej na wniosek Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego.
Prorektor Zastępcą rektora był prorektor, którego wybierano spośród grona profesorów zwyczajnych i nadzwyczajnych na okres trzech lat. Wybór prorektora odbywał się w innym roku akademickim niż wybór rektora i podlegał zatwierdzeniu przez Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego.
Rada wydziałowa Rada wydziałowa powoływana była do załatwiania wszelkich spraw dotyczących nauki i nauczania na danym wydziale.
Rada wydziałowa udzielała opinii naukowych w zakresie wydziału i była zobowiązana udzielić opinii w przypadkach, gdy zażądał jej Minister Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego.
Radę wydziałową zwoływał i przewodniczył jej obradom dziekan.