Struktura organizacyjna organów została ustalona w rozkazie z 17 marca 1945 „W sprawie rozszerzenia sieci ekspozytur prokuratury PKP i objęcia ich właściwością terenów nowo wyzwolonych”. Przewidywał on powołanie ekspozytur Wojskowej Prokuratury PKP przy DOKP w Gdańsku z siedzibą w Bydgoszczy, Katowicach, Łodzi, Poznaniu, z siedzibą w budynku DOKP ul. Stanisława Taczaka 8Bartosz Kruk: Militaryzacja kolei jako element umacniania władzy ludowej w Polsce po II wojnie światowej, [w:] Państwo wobec kolei żelaznych w Polsce, Muzeum w Rybniku Rybnik 2017, s. 293-307Tomasz Karpiński: Wydział Zamiejscowy Wojskowego Sądu Polskich Kolei Państwowych w Poznaniu (1947-1949), Wojskowy Przegląd Prawniczy R. 86, nr 2 (2013), s. 53-73Henryk Zięba: Monografia Dyrekcji Okręgowej Kolei Państwowych w Poznaniu 1945 – 1992, ZDOKP Poznań 1993, i Warszawie. Na mocy rozkazu z 5 maja 1945 powołano ekspozytury w Krakowie, Lublinie i Olsztynie. DOKP Warszawa obsługiwała bezpośrednio Wojskowa Prokuratura PKP przy Ministerstwie Komunikacji. W grudniu 1946 utworzono dwie ekspozytury: przy DOKP we Wrocławiu z tymczasową siedzibą w Katowicach, następnie we Wrocławiu w budynku zajmowanym ówcześnie przez ZZK przy ul. Joannitów 14, i w Szczecinie. Jednostki te rozpoczęły działalność 1 lutego 1947.