Siedzibą sądu był początkowo Lublin, a od 14 lutego 1945 – Warszawa, lokując ją w kompleksie budynków centralnych władz państwowych, oraz wielu resortów, m.in. komunikacji przy ul. Wileńskiej 4. Planowano powołanie 10 Sądów Wojskowych PKP. Ostatecznie, na podstawie rozkazu NDWP z 28 listopada 1946 i zarządzenia wykonawczego szefa Departamentu Służby Sprawiedliwości MON, powołano jedynie dwie delegatury (wydziały zamiejscowe) – we Wrocławiu, początkowo z siedzibą tymczasową w Katowicach, od 1 stycznia 1947 we Wrocławiu w budynku zajmowanym ówcześnie przez ZZK przy ul. Joannitów 14 i w Poznaniu w jednym z budynków DOKP przy ul. Stanisława Taczaka 8Bartosz Kruk: Militaryzacja kolei jako element umacniania władzy ludowej w Polsce po II wojnie światowej, [w:] Państwo wobec kolei żelaznych w Polsce, Muzeum w Rybniku Rybnik 2017, s. 293-307Tomasz Karpiński: Wydział Zamiejscowy Wojskowego Sądu Polskich Kolei Państwowych w Poznaniu (1947-1949), Wojskowy Przegląd Prawniczy R. 86, nr 2 (2013), s. 53-73Henryk Zięba: Monografia Dyrekcji Okręgowej Kolei Państwowych w Poznaniu 1945 – 1992, ZDOKP Poznań 1993. Delegatury rozpoczęły działalność 1 lutego 1947. Zniesienie militaryzacji PKP nastąpiło 1 lipca 1949.