Program trzyletniej szkoły był oparty na systemie przedwojennym. Przyjmowani byli chłopcy po ukończeniu gimnazjum w wieku od 16 do 25 lat, cieszący się dobrym zdrowiem. Warunkiem wstępnym było ukończenie Szkoły Jungów w Gdyni, która organizowała kursy przygotowujące załogi pokładowe statków handlowych. Po egzaminach wstępnych przyjęci kandydaci musieli odbyć praktykę morską. Oprócz przedmiotów ogólnokształcących nauczano przedmiotów zawodowych takich jak: dewiacja, astronomia, nawigacja, praca na mapie, instrumenty nautyczne, wiedza okrętowa, prawo morskie, budowa i stateczność statku i inne. Po drugim roku uczeń zdawał maturę ogólnokształcącą. Ostatni rok kończył się tzw. końcowym egzaminem teoretycznym. Po nim odbywała się 3–4 miesięczna praktyka morska, która stanowiła podstawowy warunek zaliczenia egzaminu praktycznego. Od 1 września 1949, skrócono czas nauki do dwóch lat, co doprowadziło do dwutorowości nauczania, ponieważ starsze roczniki nadal realizowały program trzyletni.
Ukończenie Państwowej Szkoły Morskiej dawało absolwentom, po dwóch latach pływania w charakterze asystentów, dyplom porucznika żeglugi małej, a po następnych dwóch w charakterze porucznika – dyplom porucznika żeglugi wielkiej.