XXI wiek thumb|Korweta „Oaxaca” z początku XXI w. thumb|Fregata „Benito Juárez” z 2020 Między 1998 a 2002 roku do marynarki Meksyku wcielono cztery amerykańskie fregaty typu Knox, które stały się jej okrętami o największej wartości bojowej, mimo wieku około 30 lat i usunięcia części systemów uzbrojenia. Pierwsza z nich („Ignacio Allende”) stała się pierwszym meksykańskim okrętem uzbrojonym w pociski przeciwlotnicze (pozostałe nie miały wyrzutni przeciwlotniczych). Pod koniec lat 90. wcielono także cztery zbudowane w kraju nowoczesne oceaniczne okręty patrolowe (korwety) typu Sierra, o formie kadłuba zmniejszającej odbicie radiolokacyjne, a następnie na początku XXI wieku cztery typu Durango i osiem typu Oaxaca, budowanych do drugiej dekady wieku. W 2004 roku Meksyk zakupił ponadto do ochrony pól naftowych Campeche dwa izraelskie kutry rakietowe typu Saar 4,5 („Huracán” i „Tormenta”), będące jego pierwszymi okrętami uderzeniowymi z rakietami przeciwokrętowymi. Marynarka Meksyku ponadto od lat 90. nabyła liczne nowe mniejsze okręty lub kutry patrolowe kilku typów, a także dwa amerykańskie trzydziestoletnie okręty desantowe typu Newport. Jednocześnie marynarka podlegała dalszemu rozrostowi kadrowemu i w 2016 roku liczyła 55 644 personelu służby stałej, w tym 18 000 piechoty morskiej i 1114 lotnictwa.