Okres wojenny Kolej była po raz pierwszy wykorzystana w akcji zbrojnej podczas obrony Helu w 1939 roku. Wykorzystano ją do transportu rannych, żywności i amunicji. W latach 1939–1940 po budowie obiektów baterii Schleswig-Holstein doprowadzono do nich nowe fragmenty kolei. Z powodu braku danych, trudno jest oszacować zniszczenia kolei w tym okresie.
Okres PRL-u Po 1945 roku kolej służyła transportowi sprzętu wojskowego (m.in. min oraz amunicji) między portem wojennym a trzema magazynami, a także umożliwiała dowóz zaopatrzenia do licznych obiektów wojskowych (m.in. baterii artylerii nadbrzeżnych, baterii przeciwlotniczych, czy stanowisk rakiet OPL). Nie nastąpiły wówczas jednak znaczące zmiany w układzie kolei, bowiem nie budowano już nowych odcinków. Od lat 60. rozpoczął się proces stopniowego skracania linii, w wyniku którego w 1967 zlikwidowano tor umożliwiający dojazd lokomotyw na cypel helski. Wiązało się to z likwidacją fragmentu łączącego tor wąskotorowy z torem normalnotorowym, który zagrażał bezpieczeństwu. Wraz z nim zniknęły również garaże taboru znajdujące się na zachód od stacji oraz przeładownia. Pozbyto się również pętli znajdującej się niedaleko portu wojennego.