22 września 1852 ponownie w stroju kupca wyruszył do Tybetu i osiadł w klasztorze buddyjskim, gdzie pobierał lekcje języka tybetańskiego. Gdy w okolicy zrobiło się głośno o jego obecności, 18 grudnia 1853 wyjechał do Junnanu. Tam otrzymał informację o mianowaniu go 21 marca 1853 prefektem apostolskim Lhasy od strony Chin (jednocześnie działał prefekt od strony Indii).
W marcu 1854 ponownie wyruszył do Tybetu i po pobycie w klasztorze, w którym przebywał w zeszłym roku, 3 grudnia 1854 wydzierżawił ziemię w Bonga, gdzie założył misję i się osiedlił. Była to pierwsza misja katolicka w Tybecie. Wśród ochrzczonych w Bonga Tybetańczyków dominowali niewolnicy, zarówno dzieci jak i dorośli. Okoliczna ludność buddyjska była w większości wrogo nastawiona do misji, która została kilkukrotnie splądrowana, a jej mieszkańcy pobici. Gdy sytuacja się zaogniła, postanowił się wycofać i przed władzami tybetańskimi i chińskimi w Kiangki walczyć o zachowanie misji, co zakończyło się sukcesem.