Przez Cisową Górę przebiega dział wodny I rzędu pomiędzy dwoma głównymi dorzeczami Polski: Wisły i Odry. Północna część wzgórza, będąca częścią dorzecza Wisły, położona jest w całości w zlewni Rawy, zaś południowa (dorzecze Odry) w zlewni Kłodnicy. W zlewni Rawy, około 350 m na południe od autostrady A4, na wysokości ulicy W. Witosa znajdowało się źródło potoku załęskiego, do którego 250 m niżej wyprowadzano wody kopalniane z pierwotnego nadania kopalni „Charlotte”. Potok ten płynął w kierunku północno-wschodnim do Rawy. W zlewni Kłodnicy, w kierunku południowym z Cisowej Góry, spływa wąskim jarem strumyk rozgraniczający Katowice i Chorzów. Wpływa on na wysokości Kokocińca do Kłodnicy, stanowiąc prawy dopływ tej rzeki. Również w zlewni Kłodnicy, pomiędzy ul. Brygadzistów oraz ul. Załęska Hałda, występują obszary z wodami stojącymi. Większe akweny w rejonie Cisowej Góry znajdują się też na obszarze zespołu przyrodniczo-krajobrazowego „Uroczysko Buczyna”.
W podziale hydrogeologicznym Bronisława Paczyńskiego Cisowa Góra położona jest w obrębie śląsko-krakowskiego regionu hydrogeologicznego, w subregionie górnośląskim.