Położenie Szwedów pod Zamościem było kłopotliwe, ponieważ wojska litewskie nadciągały od północy, a w okolicach znajdowały się inne wojska koronne.
Karol X Gustaw zrezygnował z próbowania zdobycia Zamościa, jednak przed odejściem spod twierdzy zwrócił się do ordynata o możliwość przejścia na trakt lwowski objazdem z traktu szczebrzeszyńskiego. Otrzymał jednak urągliwą odpowiedź, iż „jest inny dogodny objazd o pół mili”. Szwedzi spalili okolice i skierowali się w kierunku na Narol i Jarosław. Cały manewr wojsk szwedzkich pod wodzą Karola X Gustawa, skierowany pierwotnie na Lwów, ostatecznie zakończył się ich oblężeniem w widłach Wisły i Sanu.
O Zamościu, w trakcie potopu szwedzkiego, można jeszcze usłyszeć jako o miejscu przetrzymywania jeńców szwedzkich, wziętych do niewoli po pierwszym odebraniu Warszawy z rąk szwedzkich, w tym feldmarszałka Arvida Wittenberga. Podczas potopu twierdza okryła się wielką sławą, bowiem obok Jasnej Góry, Gdańska i Twierdzy w Łańcucie tylko ona oparła się najeźdźcom z północy. Trzeba jednak przyznać, że jej oblężenie było krótkotrwałe i miało nieporównanie mniejsze znaczenie niż obrona jasnogórskiego klasztoru.