W Brzesku około 60% populacji stanowili Żydzi, toteż wiosną 1941 r. okupant przystąpił do tworzenia getta, zlikwidowanego 17-18 września 1942 r. Przez te dni, w trakcie akcji przeprowadzanej przez Niemców w brzeskim getcie, Jan Brzeski ukrywał Naftalego Schiffa oraz pewnego Żyda z Bochni w piwnicy swojego domu. Udzielał także pomocy lekarskiej Żydom, którzy zbiegli z getta i szukali schronienia. Wśród osób, które leczył, znalazła się Regina Sperber, żona Hermana Sperbera. Małżeństwo mieszkało przed wojną na pograniczu wsi Dębno i Porąbka Uszewska. Brzeski asystował przy trudnym porodzie Reginy. Doktor Jan Brzeski leczył także Lili Matzner, która ukrywała się u gospodarza o nazwisku Topolski we wsi Jadowniki. Jak wspominała po wojnieJan Brzeski, Instytut Yad Vashem: „Podczas okupacji przebywałam na Słotwinie w Brzesku, jako Żydówka, wysiedlona z Bielska. Byłyśmy obie z siostrą bez zasobów, jako wysiedlone. Korzystałam kilkakrotnie w czasie pobytu w Brzesku z pomocy lekarskiej dr. Brzeskiego, lekarza w Brzesku, który zawsze, na każde wezwanie do nas przychodził, mimo że nie wolno było lekarzom Polakom leczyć Żydów. Ponadto przychodził dr. Brzeski do nas nawet i wtedy, gdy byliśmy już zamknięci w getcie brzeskim, gdzie dostęp Polakom był w ogóle wzbroniony.