15 grudnia 1994 pułk z garnizonu Skierniewice został przeniesiony do Lidzbarka Warmińskiego jako 9 pułk radioelektroniczny, 1 grudnia 1995 przyjął nazwę 9 Warmiński pułk radioelektroniczny będąc podporządkowany pod Warszawski Okręg Wojskowy, od 2001 do 2002 pod Dowództwo Wojsk Lądowych. W maju 2001 rozpoczęło się przeformowanie jednostki trwające do roku 2003 i na jego bazie sformowano 10 kwietnia 2003 9 Warmiński pułk rozpoznawczy. Jednostka do marca 2004 była podporządkowana pod 1 Korpus Zmechanizowany, a następnie pod Dowództwo Wojsk Lądowych. Od 1 stycznia 2014 9 Warmiński pułk rozpoznawczy podlega bezpośrednio pod Dowództwo Generalne Rodzajów Sił Zbrojnych.
Tradycje Dziedzictwo tradycji Decyzją Ministra Obrony Narodowej Nr 72/MON z dnia 13 marca 2015 r. 9 pułk rozpoznawczy przyjął 20 czerwca 2015 imię płk. Zygmunta Szendzielarza ps.