W roku 1981 wyjechał na roczne stypendium do Niemiec na Uniwersytet w Saarbrucken w ramach stypendium Fundacji Aleksandra von Humboldta, gdzie pracował pod kierunkiem prof. Herberta Gleitera. W latach 1983–1998 kierował Laboratorium Granic Ziaren i Spiekania, Centrum Badań Wysokociśnieniowych PAN (obecnie Instytut Wysokich Ciśnień PAN). Następnie od 1999 do 2000 roku pracował naukowo pod kierunkiem profesora Hansa Fechta na Uniwersytecie w Ulm w Instytucie Mikro i Nanomateriałów. Od 2001 roku jest kierownikiem Laboratorium Nanostruktur w Instytucie Wysokich Ciśnień PAN (IWC PAN). W latach 2012–2016 był zatrudniony na Wydziale Zarządzania Politechniki Białostockiej.
Działalność badawcza i praca naukowa Prof. Łojkowski jest autorem ponad 500 artykułów naukowych w renomowanych czasopismach z dziedziny inżynierii materiałowej i fizyki, cytowanych ponad 7800 razy (h-index 48 wg Google Scholar w roku 2023). W pracy badawczej podejmował takie tematy badawcze jak struktura granic ziaren i granic między kryształami, mechanizmy dyfuzji po granicach ziaren, spiekanie ceramik, konstrukcja aparatury wysokociśnieniowej, zarządzanie pracami badawczymi w oparciu o TOC – teorie ograniczeń, synteza nanocząstek i nanomateriałów, biomedyczne zastosowanie nanocząstek.
Współtwórca 7 aktywnych patentów.