Przeciwwskazania do kolonoskopii Najczęściej są nimi: zapalenie otrzewnej zaostrzenie chorób zapalnych jelita ostre zapalenie uchyłków jelita grubego perforacja jelita grubego ciąża duży tętniak aorty brzusznej ciężka niewydolność układu krążenia i/lub oddechowego zaburzenia krzepnięcia krwi (przy planowanym usunięciu polipa lub biopsji)
Badanie samej odbytnicy to rektoskopia (inaczej proktoskopia).
Aby wykonać to badanie, pacjent musi być odpowiednio przygotowany – jelita powinny być opróżnione z treści pokarmowej, co uzyskuje się przez dietę ubogo resztkową na 3 dni przed badaniem, głodówką w przeddzień badania oraz stosowaniem wlewów oczyszczających jelito grube (lewatywa) lub obecnie preferowaną metodą doustnych środków przeczyszczających (np. Fortrans, CitraFleet).
Podczas badania do światła jelita wprowadzany jest pod ciśnieniem gaz, który ma na celu poszerzenie światła jelita celem łatwiejszego wprowadzenia kolonoskopu i łatwiejszemu uwidocznieniu stanu jelita. Ponieważ kolonoskopia jest zwykle badaniem bolesnym, najczęściej wykonuje się ją w znieczuleniu ogólnym.