Twórczość Nowatorskie poglądy muzykologiczne Momigny’ego nie spotkały się ze zrozumieniem współczesnych, ich znaczenie odkryto dopiero w 2. połowie XIX wieku. Do jego teorii rytmu i frazowania nawiązał Hugo Riemann. Za zasadę kształtowania przebiegu muzycznego uważał przejście od słabej do mocnej części taktu. Wskazywał na związek między podstawowymi funkcjami życiowymi człowieka (puls, bicie serca, kroki), tworzącymi podstawowe jednostki dźwiękowe, oraz na analogie między słowem a muzyką. Skonstruował 7-dźwiękowy akord diatoniczny zbudowany z tercji i dodając do utworzonej na jego podstawie skali dźwięki chromatyczne i enharmoniczne uzyskał 17-dźwiękową skalę przypominającą typową dla muzyki przełomu XIX i XX wieku politonalność.
Skomponował m.in. opery Le Baron de Felsheim, La Nouvelle Laitière i Arlequin Cedrillon, 6 kwartetów smyczkowych, 6 sonat na skrzypce i fortepian, 9 sonat na bas, skrzypce i fortepian, Grand nocturne na skrzypce lub flet i fortepian, utwory fortepianowe, pieśni. Jego muzyka ma charakter salonowy i nie zdobyła sobie większego uznania.
Ważniejsze prace (na podstawie materiałów źródłowych)