Zastąpił go Kazimierz Marcinkiewicz, nominowany na to stanowisko przez premiera Jarosława Kaczyńskiego 18 lipca 2006.
24 lipca 2006 objął stanowisko prezesa Ciech S.A. po ustępującym Ludwiku Klinkoszu. 26 czerwca 2008 nie otrzymał od walnego zgromadzenia akcjonariuszy absolutorium z wykonywanych obowiązków, a 11 lipca 2008 złożył rezygnację, która została przyjęta. Został członkiem Rady Zamówień Publicznych przy prezesie Urzędu Zamówień Publicznych.
W kwietniu 2012 na wniosek ministra spraw wewnętrznych Jacka Cichockiego został dyrektorem Centrum Personalizacji Dokumentów MSW. Kolejny szef MSW Bartłomiej Sienkiewicz pozostawił go na tym stanowisku.
8 lutego 2016 został wiceprezesem zarządu PKN Orlen. 5 lutego 2018 został odwołany z tej funkcji.
Reprywatyzacja nieruchomości przy Nabielaka 9 W styczniu 2006, jako sekretarz miasta dysponujący pełnomocnictwem Lecha Kaczyńskiego do wydawania decyzji, Kochalski podpisał decyzję reprywatyzacyjną dotyczącą kamienicy przy ulicy Nabielaka 9. Na jej mocy nieruchomość przekazano trojgu spadkobiercom dawnych właścicieli oraz nabywcy roszczeń, który część praw do niej kupił za niewielką kwotę.