Wraz z wyjściem pisma klinowego z użycia Epos ten popadł na niemal dwa tysiące lat w zapomnienie, a postać samego Gilgamesza wzmiankowana jest bardzo rzadko w późniejszych źródłach.
Pierwsza możliwa wzmianka o Gilgameszu znajduje się w datowanej na I w. p.n.e. aramejskiej Księdze Gigantów odkrytej pośród zwojów z QumranM. Kovacs, The Epic..., s. xxxiii.. Wymienionych jest w niej dwóch gigantów o imionach glgmys/š i hwbbš. Zdaniem niektórych badaczy chodzi tu o Gilgamesza i Humbabę.
W pochodzącym z II w. n.e. dziele antycznego autora Aeliana „O naturze zwierząt” (De Natura Animalium) występuje identyfikowany z Gilgameszem władca o imieniu GilgamosJ. Black, A. Green, Słownik..., s. 77–78.. W jednej ze znajdujących się w tym dziele opowieści „król Babilończyków Seuechoros” zostaje ostrzeżony przez swoich magów, iż syn zrodzony przez jego córkę przywłaszczy sobie jego tron. Gdy córka zachodzi w ciążę i rodzi syna, zostaje on jej odebrany i zrzucony w przepaść ze szczytu wzgórza. Spadające dziecko ratuje przelatujący orzeł, który zabiera je do ogrodu. Tam odnajduje je stróż, który postanawia je wychować. Dziecko to, które potem stało się królem, nazwano Gilgamosem.