Po utworzeniu jesienią 1940 przez niemieckie władze okupacyjne getta musieli oni opuścić Pragę, a ich miejsce zajęli Polacy.
Podczas okupacji Niemcy przeprowadzali na bazarze łapanki, które nasiliły się pod koniec wojny. W 1944, podczas powstania warszawskiego, bazar spłonął.
Po 1945 roku Rozwój targowiska nastąpił zaraz po wojnie (mimo działalności Komisji Specjalnej do Walki z Nadużyciami i Szkodnictwem Gospodarczym). Można tam było kupić dosłownie wszystko. W 1945 r. funkcjonowało ok. 500 stałych stoisk, ok. 200 sklepów, a także prowadzono sprzedaż ręcznąTadeusz Sierocki; Warszawska organizacja PPS, 1944-1948, PWN, Warszawa 1976, s. 151..
W 1950 r. nastąpiło upaństwowienie bazaru, jednak nie zlikwidowało to prywatnego handlu. W latach 60. narodziły się plany jego likwidacji i zagospodarowania terenu. Spotkały się one z powszechnym sprzeciwem. Pamiątką tamtego okresu jest poszerzona ulica Targowa i przejścia podziemne przy bazarze.