W 1986 roku założono Fundację Muzeum Morskiego Wysp Alandzkich, której Ålands Nautical Club – zarządzający dotąd muzeum – przekazał obiekty muzealne, bibliotekę oraz archiwa. W latach 2009–2012 budynek muzeum przeszedł generalny remont oraz rozbudowę, projekt której opracowali Johanna Vuorinen i Esa Kangas. Nową aranżację wystaw zaprojektowało natomiast studio Amerikka oraz Jouni Kaipia.
W marcu 2015 roku Muzeum Morskie Wysp Alandzkich przejęło zarządzanie znajdującym się w jego pobliżu historycznym żaglowcem „Pommern”, którego właścicielem jest miasto Maarianhamina (); w latach 2017–2019 przeprowadzono konserwację statku.
Muzeum za swoją działalność było nagradzane m.in. w 2016 roku tytułem Muzeum Roku przyznawanym przez Stowarzyszenie Muzeów Fińskich oraz w 2017 roku nagrodą organizacji Save the Childern za swoją inkluzywną działalność edukacyjną.