Na początku lat 90. Rare zainwestowało w komputery Silicon Graphics, których używali do pomocy przy renderowaniu obrazów generowanych komputerowo. Nintendo kupiło ćwierć udziałów w Rare, ostatecznie rozszerzyło swój udział do 49% i zaoferowało przedsiębiorstwu stworzenie gry z udziałem wybranego bohatera japońskiej wytwórni. Bracia Stamper wybrali Donkey Konga, z czego wynikła gra Donkey Kong Country (1994). Ta zaś odniosła ogromny sukces i była najbardziej dochodową grą na konsolę Super Nintendo Entertainment System. Rare w drugiej połowie lat 90. odniosło kolejne sukcesy dzięki serii „bijatyk” Killer Instinct i grom realizowanym dla japońskiej wytwórni na konsolę Nintendo 64, w tym Banjo-Kazooie, Blast Corps, Diddy Kong Racing, Jet Force Gemini, Donkey Kong 64 i GoldenEye 007. Ten ostatni tytuł był ówcześnie przełomową strzelanką pierwszoosobową, przeznaczoną na konsole.