Zgromadzenie Misjonarzy Ducha Świętego zostało założone w (przedmieście Meksyku) 25 grudnia 1914 roku. Arcybiskup Puebla de los Angeles powierzył ks. zwierzchnictwo nad nowym zgromadzeniem. Początki zakonu były trudne m.in. z powodu wojny domowej i antyklerykalnej polityki Venustiana Carranzy, jednak mimo różnorodnych przeszkód udało się stworzyć ośrodki w , Tlalpan, Morelii, a także w Rzymie i Castroville (Teksas). 9 lutego 1926 r. o. Félix otrzymał od Piusa XI pozwolenie na oficjalne przejście z Towarzystwa Maryi do misjonarzy Ducha Świętego. 27 listopada 1931 r. misjonarze otrzymali Decretum laudis, czyli dokument nadający im rangę zgromadzenia na prawie papieskim, znajdującego się pod opieką Stolicy Apostolskiej.
Przełożeni generalni MSpS (1914–1938) Edmundo Iturbide Reygondaud MSpS (1938–1950) Ángel María Oñate MSpS (1950–1962) Jesús María Padilla MSpS (1962–1968) José Guzmán MSpS (1968–1974) Manuel Castillo MSpS (1974–1986) Melecio Picazo MSpS (1986–1992) Jorge Ortiz González MSpS (1992–2004) Domenico Di Raimondo Romo MSpS (2004–2010) Fernando Torre Medina Mora MSpS (2010–2016) Francisco Daniel Rivera Sánchez MSpS (2016–2020) José Luis Loyola Abogado MSpS (od 2021)