Trzeci rząd W 1999 roku, BJP poprowadziła Narodowy Sojusz Demokratyczny do ponownego zwycięstwa, zdobywając 183 miejsca na 303 ogółem dla Sojuszu. Tym razem rząd przetrwał pełne 5 lat. Główne działania trzeciego rządu Vajpayee: 5 prób nuklearnych w 1998 roku, Indie uzyskują broń atomową, odzyskanie terenów od Pakistanu w czasie konfliktu Kargil, ustawa o ochronie przed terroryzmem z 2002 roku, zwiększająca uprawnienia policji i sił specjalnych, prywatyzacja przedsiębiorstw państwowych, liberalizacja handlu, obniżanie podatków dla klasy średniej i przedsiębiorców, budowa dróg, 2004 rok – podpisanie Porozumienia o Wolnym Handlu w Południowej Azji (SAFTA).
Popularność BJP spadła nieco na skutek zamieszek w 2002 roku w stanie Gudźarat, w których zginęło 2 tys. osób. Miały one charakter antymuzułmański. Pomimo tego przewidywano zwycięstwo BJP w wyborach, bazując na popularności Vajpayee, dobrej sytuacji gospodarczej i rozpoczęciu procesu pokojowego z Pakistanem. W efekcie zlekceważono nieco kampanię wyborczą i Sojusz Narodowo-Demokratyczny przegrał w wyborach ze Zjednoczonym Sojuszem Progresywnym. Lal Krishna Advani został nowym liderem partii, a Vajpayee stał się tylko prezesem honorowym.