W 2000 Kennedy Jr. i inny prawnik zajmujący się ochroną środowiska, Kevin Madonna, założyli firmę prawniczą Kennedy & Madonna, LLP zajmującą się ochroną środowiska. W 2007 roku ława przysięgłych wydała werdykt nakazujący firmie DuPont wypłatę 196,2 milionów dolarów odszkodowania za zanieczyszczenia terenu metalami ciężkimi z ich fabryki cynku w Spelter w Wirginii Zachodniej. Kennedy Jr. był prawnikiem reprezentującym poszkodowanych mieszkańców.
W 2016 został radcą prawnym firmy prawniczej Morgan & Morgan. Był jednym z prawników reprezentujących Dewayne’a Johnsona w głośnym procesie przeciwko Monsanto w 2018. Ława przysięgłych sądu w San Francisco orzekła wtedy na korzyść szkolnego dozorcy Johnsona chorującego na chłoniaka, stwierdzając, że producent nie ostrzegł, że jego produkty, RoundUp i Ranger Pro, mogą powodować raka. Monsanto musiało wypłacić Johnsonowi wielomilionowe odszkodowanie.
W 2017 zrezygnował ze stanowiska członka zarządu Riverkeeper i odszedł z organizacji. W 2020 odszedł z Waterkeeper Alliance.