Sędziwój poświęcił się całkowicie badaniu pism lekarskich i alchemicznych.
W tym okresie nawiązał bliski kontakt z Mikołajem Wolskim (1555–1630), późniejszym marszałkiem wielkim koronnym, który jako zwolennik alchemii przez wiele lat pozostał mentorem Sędziwoja, finansując jego badania i podróże. Dzięki wsparciu Wolskiego Sędziwój wyruszył za granicę, aby zdobyć wszechstronną wiedzę hermetyczną i poszerzyć wykształcenie humanistyczne. Studiował w Cambridge, Ingolstadt, Lipsku, Altdorfie, Frankfurcie, Rostocku, Wittemberdze, Wiedniu. Poznał także państwo moskiewskie, Szwecję, Anglię, Hiszpanię, Portugalię, Szwajcarię, Niemcy, Czechy, Austrię.
13 października 1591 roku Sędziwój został immatrykulowany na Uniwersytecie Wiedeńskim, a w roku 1593 w Pradze na dworze cesarza Rudolfa II został przyjęty w poczet dworzan, aby na sejmie w Ratyzbonie w roku 1598 zostać mianowanym radcą cesarskim. W tym czasie Michał Sędziwój występuje także w dokumentach jako sekretarz królewski Zygmunta III Wazy. Wszystko wskazuje na to, że bardziej niż zdolności alchemiczne, to jego misje dyplomatyczne i posłowanie między monarchami były kluczem otwierającym wrota dworu cesarskiego. W 1599 roku wybuchła w Pradze groźna epidemia, w wyniku której zmarła jego żona Weronika Stiber oraz dwoje z ich czworga dzieci.