Janusz Gmitruk, będąc dyrektorem ZHRL, przez wiele lat uczestniczył w posiedzeniach Naczelnego Komitetu Wykonawczego i Rady Naczelnej PSL z głosem doradczym, wchodził w skład zespołu ekspertów PSL, jak również był doradcą w klubie parlamentarnym PSL.
Od 1992 roku jest redaktorem naczelnym „Roczników Dziejów Ruchu Ludowego”.
Z dniem 3 września 1997 minister kultury i sztuki Zdzisław Podkański powołał Janusza Gmitruka na stanowisko dyrektora Muzeum Historii Polskiego Ruchu Ludowego w ramach pięcioletniego kontraktu (później kilka razy odnawianego). Muzeum zostało jednostką organizacyjną samorządu województwa mazowieckiego. Gmitruk jednocześnie objął funkcję redaktora naczelnego periodyku „Rocznik Historyczny Muzeum Historii Polskiego Ruchu Ludowego”. Nowy dyrektor odmłodził kadrę pracowników, a sama instytucja zmieniła formułę działalności i otworzyła się na nowe środowiska naukowe. Dzięki tym zmianom, w muzeum jako placówce naukowo-badawczej, pracownicy mogli realizować swoje ambicje naukowe przygotowując dysertacje doktorskie i uzyskując stopnie doktora habilitowanego. W MHPRL zaczęto publikować prace badawcze, książki i artykuły naukowe oraz organizować wystawy. Dzięki temu placówka stała się liczącym się ośrodkiem wydawniczym w kraju.