Kontrowersje W 2013 sąd lustracyjny orzekł wobec Janusza Gmitruka pięcioletni zakaz pełnienia funkcji publicznych i prawa wybieralności m.in. do Sejmu, uznając, że w 2007 złożył fałszywe oświadczenie lustracyjne, w którym zataił współpracę ze Służbą Bezpieczeństwa w latach 1974–1980. W inwentarzu archiwalnym Instytutu Pamięci Narodowej znajduje się jego teczka jako Tajnego Współpracownika o pseudonimie „XX-24”. O współpracę z SB oskarżył dr. Gmitruka m.in. prof. Andrzej Friszke wskazując, że ten swoim donosem utrudnił mu karierę naukową.

Życie prywatne W młodości grał w piłkę nożną i siatkówkę. Jego pasją jest fotografia (w marcu 1968 został pobity przez funkcjonariuszy ZOMO, kiedy próbował dokumentować aparatem zajścia na uczelni) i jazda na nartach w polskich Tatrach. Interesuje się również sztuką, malarstwem oraz architekturą ogrodu.

Janusz Gmitruk z małżonką Beatą mają dorosłych synów Przemysława i Pawła.