Osiągnął z tym klubem następujące sukcesy: wicemistrzostwo Hiszpanii w sezonie 2003/2004, Puchar Króla 1999/2000, finał Pucharu Koracia 1998/1999, a także w sezonie 2003/2004 decyzją Hiszpańskiego Stowarzyszenia Trenerów został wybranym Trenerem Sezonu Ligi ACB.
Reprezentacja Hiszpanii Pepu Hernández na przełomie lat 70. i 80. był asystentem Ignacio Pinedo w juniorskich reprezentacjach Hiszpanii.
W 2006 roku został selekcjonerem seniorskiej reprezentacji Hiszpanii, którą przygotowywał do odbywających się w tym samym roku mistrzostw świata w Japonii, do których drużyna La Roja wyjechał z wysokimi moralami oraz nadzieją na zajęcie wysokiego miejsca w turnieju. 1 września 2006 roku w Saitama Super Arena w Saitamie (na tym obiekcie odbywały się mecze fazy pucharowej), drużyna La Roja 1 września 2006 roku w półfinale po wyrównanym meczu wygrała 75:74 z reprezentacją Argentyny i tym samym awansowała do finału, w którym 3 września 2006 roku wygrała 70:47 z reprezentacją Grecji, tym samym zostając po raz pierwszy w historii mistrzem świata.