Prace nad kaplicą rozpoczęto wkrótce po 31 marca 1696. Budowę i wyposażenie sfinansowała „Fondazione Cotoner”, założona przez wielkiego mistrza Nicolasa Cotonera. Kaplica została konsekrowana 15 maja 1698 i została poświęcona świętemu Mikołajowi, patronowi Cotonera. Ceremonia poświęcenia zbiegła się z ukończeniem budowy twierdzy, z udziałem nowego wielkiego mistrza Ramóna Perellósa i wielu innych dygnitarzy. Status kościoła parafialnego nadano kaplicy 19 maja 1698, była ona używana przez garnizon fortu.
W 1700 roku doszło do sporu między biskupem Malty a wielkim mistrzem Zakonu o jurysdykcję nad kaplicą. Kaplica pozostała w użyciu po przejściu Malty pod panowanie brytyjskie w XIX wieku, kiedy to służyła potrzebom żołnierzy maltańskich w forcie. 10 grudnia 1897 kaplica przeszła pod jurysdykcję nowo powstałej parafia św. Józefa w Kalkarze.
Fort Ricasoli został wycofany ze służby w 1964. Po tym kaplica została opuszczona, była czasem wykorzystana jako magazyn, a potem popadła w ruinę. W 2011 poinformowano, że został zbezczeszczony grób w krypcie pod kaplicą.
W 2019 zostały zatwierdzone plany renowacji kaplicy wraz z resztą fortu.