Przez 52 lata (do 2011 r.) był też archiwistą prowincji krakowskiej.

Pomimo tych obowiązków o. Benignus Wanat prowadził intensywną pracę naukową i pisarska. W 1982 r. doktoryzował się w Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie na podstawie rozprawy Kult świętego Józefa Oblubieńca Najświętszej Maryi Panny u karmelitów bosych w Krakowie, którą przygotował pod kierunkiem ks. prof. Bolesława Przybyszewskiego. W 1984 r. w tej samej uczelni habilitował się na podstawie rozprawy Zakon karmelitów bosych w Polsce. Klasztory karmelitów i karmelitanek bosych 1605–1975. Z uczelnią tą związał się jako wykładowca historii nowożytnej. W 1993 r. otrzymał stanowisko docenta na Wydziale Historii Kościoła, a w 2000 r. tytuł profesora nauk teologicznych. Opracował i wydał drukiem ponad 150 prac naukowych oraz artykułów z zakresu historii i archiwistyki. Pracę tę kontynuował także po przejściu na emeryturę. 19 marca 2007 został odznaczonym przez Prezydenta Rzeczypospolitej Złotym Krzyżem Zasługi. Pochowany został na cmentarzu Białoprądnickim w Krakowie. Jego pogrzeb prowadził kardynał Franciszek Macharski.