Całościowy efekt działalności Komórki Legalizacyjnej to ponad 85 tysięcy dokumentów, tysiące druków propagandowych i publikacji organizacyjnych. Gdy w kwietniu 1945 r. cześć komórki została przeniesiona do Warszawy, Romuald Warakomski przejął kierownictwo tej części, która pozostała w Wilnie. 10 sierpnia tegoż roku NKWD rozbiło jej struktury. Jednak Warakomski uniknął aresztowania i przedostał się do Polski centralnej. Tutaj ponownie związał się ze strukturami konspiracyjnymi, produkując fałszywe dokumenty dla żołnierzy podziemia antykomunistycznego, m.in. dla Zygmunta Szyndzielarza „Łupaszki” i jego żołnierzy.
W 1947 r., po otrzymaniu zwolnienie od dowództwa struktur konspiracyjnych, inspirując się postacią św. Rafała Kalinowskiego, karmelity i powstańca styczniowego, wstąpił pod przybranym nazwiskiem Roman Wojnicz do nowicjatu ojców karmelitów bosych w klasztorze w Czernej. Otrzymał tu imię o. Marian od Najświętszego Serca Pana Jezusa. W 1953 r., po ukończeniu studiów teologicznych, przyjął święcenia kapłańskie. W latach 1954–1957 był mistrzem nowicjatu, a w latach 1957–1960 przeorem klasztoru w Krakowie. Zdekonspirowany przez Służbę Bezpieczeństwa, odmówił współpracy z nią. Jednak pod wpływem jej szykan i stałej inwigilacji poprosił w 1961 r. o zwolnienie z posługi kapłańskiej. Do posługi tej powrócił w 1965 roku.