Kościół otrzymał oficjalne wezwanie Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, oraz drugie Najświętszej Maryi z Atochy (Maria Santissima Ta’ Atocja) od treści obrazu umieszczonego w ołtarzu głównym. Świątynia szybko stała się miejscem licznych pielgrzymek wiernych z całej Malty. Zaczęła być znana również jako „ta’ Samra” lub "tas-Samra" (), a to z powodu ciemnego oblicza Madonny na obrazie. Liczne pielgrzymki wspomina biskup Miguel Juan Balaguer de Camarasa w raporcie z wizytacji kościoła w 1663.
Podczas blokady Francuzów w latach 1798–1800 budynek kościoła stanowił część tylnej osłony powstańczej baterii Tas-Samra, jednej z najważniejszych.
W XIX wieku kościół był już zniszczony, służył jako magazyn i skład pożywienia dla zwierząt. Staraniem św. Ġorġa Precy świątynia została przywrócona do normalnego stanu i wznowione zostało w niej wykonywanie posług religijnych. W 1921 zainaugurował on coroczną bożonarodzeniową procesję z figurą Dzieciątka Jezus, która to tradycja kontynuowana jest do dziś. W 2009 wykonany został remont wnętrza kościoła.
Od 1 września 2016 kościół, dekretem arcybiskupa Charlesa Scicluny z 31 sierpnia 2016, został podniesiony do rangi sanktuarium.
Architektura