i Kurzgefasste Reformationshistorie der dänischen Kirche („Krótka historia reformacji duńskiego kościoła”). Pontoppidan został następnie pastorem w Hillerød i zamkowym kaznodzieją w Frederiksborgu (1734) i na dworze w Kopenhadze (1735). Od 1738 był prof. nadzwyczajnym Uniwersytetu Kopenhaskiego. Dalej pisał takie dzieła jak: Everriculum fermenti veteris (1736) i Böse Sprichwörter („Złe Powiedzenia” (1739)).
W roku 1736 miał na rozkaz dworu przygotować nowy katechizm i księgę hymnów: (Wahrheit zur Gottesfurcht (1737) i Księga Hymnów z roku 1740). Była to część planu pietystycznej odnowy narodu, którego autorem był król Chrystian VI Oldenburg.
Erik Pontoppidan nadal kontynuował pracę historyka. Jego dziełem były Marmora Danica (3 tomy., 1739–41; kolekcja epitafiów i aforyzmów religijnych) i mało rzetelne niestety Annales ecclesiæ Danicæ („Roczniki Kościoła Duńskiego” – 4 t., 1741–52). Napisał też powieść Menoza (3 tomy., 1742–43), w której poddał krytycznej analizie stan religii w Danii i innych państwach. W roku 1747 został biskupem Bergen, gdzie wprowadził wiele reform w edukacji i napisał Glossarium Norvagicum (1749) i Versuch einer natürlichen Geschichte Norwegens "Historia naturalna Norwegii" (Kopenhaga, 1752–53), a jego kazania złożyły się na: Collegium pastorale practicum (1757).