Powołali oni nowe ugrupowanie (Partię Komunistów Włoskich), które przystąpiło do koalicji tworzącej rząd Massima D’Alemy.
Niekonstruktywna postawa Odrodzenia Komunistycznego i brak udziału w jednym z dużych bloków politycznych przyczynił się do słabych wyników partii w wyborach do Parlamentu Europejskiego w 1999 i do parlamentu krajowego XIV kadencji w 2001. RC zaczęło wówczas przedstawiać się jako ugrupowanie reprezentujące włoski ruch antyglobalistyczny, a także środowiska LGBT. W 2005 jeden z jego liderów, Nichi Vendola, został wybrany na prezydenta regionu Apulia. Odrodzenie Komunistyczne przystąpiło do wielkiej centrolewicowej koalicji L’Unione. Po wyborach w 2006 stało się trzecim pod względem wielkości ugrupowaniem tego bloku. Dzięki temu Fausto Bertinotti objął stanowisko przewodniczącego Izby Deputowanych XV kadencji, formalnie rezygnując w związku z tym z funkcji partyjnych.
Udział w rządzie Romano Prodiego wiązał się m.in. z poparciem udziału włoskiej armii w Afganistanie i Libanie, co sprowadziło na komunistów szeroką krytykę ze strony europejskiej skrajnej lewicy, a także przyczyniło się do trzech drobnych rozłamów, w wyniku których powstały nowe marginalne partie.